Hans Jacob Tronshaug har musikkvitenskap hovedfag fra Universitetet i Oslo og studerte orgel under Jan Elgarøy og Harald Gullichsen. Tronshaug var forskningsstipendiat i orgelhistorie og orgelkunnskap ved Norges musikkhøgskole 1989 – 1992 og tilknyttet GoArt (Göteborg Organ Art  Center) i Gøteborg i årene 1997 – 2000. Han tok doktorgrad ved Universitetet i Göteborg i 2001.  Doktoravhandlingen behandler den norsk-danske orgelkulturen på 1800-tallet med vekt på den orgelbyggertradisjonen som ble utviklet av de danske orgelbyggerne Jürgen Marcussen og Andreas Reuter i årene 1816 – 1835. 
Tronshaug har undervist i orgelkunnskap og orgelhistorie på Norges musikkhøgskole 1989 – 1995, og ved NTNU i Trondheim 2001 – 2012. Han har vært kantor i en årrekke og lektor ved musikklinja i den videregående skolen siden 1984. Tronshaug har skrevet en rekke artikler om orgelhistoriske og musikkvitenskaplige emner i norske og utenlandske tidsskrift og årbøker. 
I løpet av de siste 30 årene har Tronshaug hatt mer enn 90 saksutredninger for orgelprosjekt i det meste av landet og vært konsulent for et 40-tall nybygg- og restaureringsprosjekt.

Oppdrag de siste 10 år omfatter: